Entre ellos podemos citar:
- microscopio de barrido o efecto de tunel (STM): permite la investigacion de superficies conductoras a niveles inferiores al atomo. A principios de los 80, IBM presento este aparato que consiste basicamente en una punta conductora muy afilada (sonda) que se desliza a muy corta distancia de la superficie que hay que examinar. Debido a las cualidades conductoras de ambos materiales, en el espacio entre la punta y la superficie se genera electricidad. Programas informaticos especializados son capaces de reconocer la imagen basandose en las diferencias de corriente, y ademas manipular y crear nuevas posiciones de las moleculas. Se llama efecto de tunel por ese espacio que antes comentabamos, similar a un tunel.
- microscopio atomico o de fuerzas atomicas (AFM): es muy eficaz si se usa en las muestras biologicas. Su funcionamiento se basa no en la electricidad como el anterior sino en las conexiones quimicas.
- microscopio de fuerza de resonancia magnetica (MRFM): se vale de la resonancia magnetica y las fuerzas a nivel atomico.