Una de las herramientas que seran necesarias para realizar trabajos nanotecnologicos sera un aparato que pueda juntar distintos atomos para formar distintos objetos programados mediante software.
A este aparato, que todavia se esta construyendo, se le llama ensamblador nanotecnologico o ensamblador universal habitualmente.
Su mision seria ir tomando distintos atomos por separado y ser capaz de unirlos siguiendo unas determinadas instrucciones para crear objetos que ya conocemos imitando su composicion atomica u otros nuevos todavia no existentes.
Parece que todavia le quedan unos añitos al ensamblador para que vea realmente la luz, aunque ya hay empresas como Zyrix en USA que estan trabajando en el, ya que realmente los problemas son evidentes, desde la manera en que puedan ensamblarse los atomos de forma artificial (a traves de bioquimica con proteinas, sondas, etc.) hasta el diseño de un software capaz de dirigir todas estas acciones.