En principio, ambos términos designarían cosas distintas.
Por una parte, en el caso de la nanociencia se encargaría de la parte teorica, de estudiar la materia, sus propiedades y sus especiales leyes físicas a escala minúscula (nanométrica, una millonesima parte de un milímetro).
Por otro lado, la nanotecnología recogiendo los conocimientos suministrados por la nanociencia, desarrollaría como su propio nombre indica tecnología (objetos, instrumentos, etc.) a escala nanotecnológica.
Sin embargo, los expertos no encuentran tan clara esta diferenciación entre las dos disciplinas o las dos vertientes de lo que concierne al estudio y desarrollo del mundo de las nanoescalas, ya que en ambos aspectos (el teórico y el práctico) se mezclan personas de distintos ámbitos del conocimiento y cada uno hace uso de lo aportado por los otros para aportar a su vez su granito de arena.
Por ejemplo, la tecnología empleada por los científicos que se encargan de la nanociencia bien pudiera ser resultado en ocasiones de la nanotecnología y por lo tanto uno de esos científicos haria uso de ambas a la vez y experimentaria avances en las dos a la vez...
Supongo que para los especialistas la cosa debe tener mucha más "miga" y flecos que aclarar, pero a nuestro nivel, con más o menos entender a qué se refiere cada término para cuando haya que utilizarlo, tenemos suficiente.